Обычно считается, что ниндзя — это члены обособленных кланов, сформировавшихся из людей, оказавшихся в средневековой Японии вне общества: ронинов (самураев, оставшихся без князей), бежавших от расправы мятежников и преступников, бродячих монахов (не приписанных ни к одному монастырю), отшельников, а также из жителей уединенных горных селений. Когда в Японии началась эпоха феодальных войн, длившаяся пять веков подряд, их стали нанимать для шпионажа и диверсионно-террористической деятельности удельные князья, принадлежавшие к противоборствующим военно-политическим группировкам.

Объясняют это тем, что подобные задачи, согласно господствовавшим представлениям о морали, наиболее успешно могли решать не самураи, подчинявшиеся требованиям ведения войны «по правилам», а те, кто находился как бы за пределами общественной иерархии, не подчинялся общепринятым нормам. Их презирали, ненавидели и боялись, но пока шли бесконечные войны, обойтись без них не могли. Внутри этих кланов постепенно сложилась специальная дисциплина, главной целью которой являлось теоретическое обоснование наилучших способов незаметного проникновения В ряды противника, выведывания его секретов и сокрушения изнутри. Она получила название «ниндзюцу» — искусство быть невидимым (имеется в виду для противника). Так появились ниндзя — потомственные профессиональные разведчики, террористы и диверсанты феодальной Японии.

Однако реальная, а не легендарная история ниндзя и ниндзюцу выглядит иначе. Прежде всего, необходимо подчеркнуть, что слово «ниндзя» в японском языке появилось только в XX веке. Раньше в значении «тайный шпион, лазутчик» употреблялся термин «синоби», точнее «сино-би-но-моно». Причем этим термином именовались шпионы вообще, безотносительно их принадлежности к каким-либо кланам. Соответственно, слово «синобу» (а не «нин-дзюцу») обозначало обычное искусство шпионажа и разведки, диверсий и саботажа, без налета мистики, клановости и т.д.

Этот тезис подтверждается, во-первых, широким употреблением производных от «синоби» слов: синобиёру — подкрадываться; синобииру — тайно проникать куда-либо; синобисугата-дэ — переодевшись, инкогнито, под чужим именем; си-ноби-аруку — ходить крадучись; синобиаси-дэ — на цыпочках, тихонько, и других из того же ряда. Во-вторых, тем фактом, что техника шпионажа входила отдельным разделом в программу обучения таких типично «самурайских» школ бу-дзю-цу, как Айсу Кагэ-рю, Катори Синто-рю, Камиид-зуми-рю, Итидзэн-рю, Курама Ёсин-рю и других, не имевших никакого отношения к пресловутым горным кланам отщепенцев.

В период феодальных распрей шпионы действительно использовались всеми удельными князьями и полководцами, а потому школы «синобу» возникали по всей стране. Однако наибольшую славу на поприще тайной войны снискали жители провинции Ига, а также уезда Кога в провинции Оми, Где сложились две наиболее крупные школы шпионажа: Ига-рю и Кога-рю. Провинция Ига полностью окружена горными хребтами Судзука и Касаги, которые, по сути дела, изолировали ее от остальной территории страны. В то же время средневековая столица Японии — Киото — находится недалеко, в каких-нибудь 80 километрах от Ига. Поэтому с древнейших времен эта горная область становилась прибежищем тех, кто по какой-то причине не ладил с властями. Сюда бежали разорившиеся крестьяне, остатки дружин разгромленных политических группировок, религиозные еретики, здесь же искали просветления ямабуси и последователи доктрины Сингон.

Согласно историческим изысканиям японских ученых, традиция синобу, или нин-дзюцу, зародилась в Ига и Кога уже в Х веке. А своего расцвета она достигла к середине XVI века. Постоянные занятия шпионажем на протяжении нескольких столетий, в сочетании с мощным влиянием синкретического религиозного учения Сюгэндо (Путь обретения сверхмогущества) -и эзотерического буддизма Сингон породили феномен уникальной культуры горцев Судзука (по названию горного хреба, проходящего через Ига и Кога). Влияние этой культуры на нин-дзюцу было столь велико, что многие современные историки считают истинными школами нин-дзюцу лишь те, которые так или иначе связаны с ней. Иными словами, с их точки зрения, нин-дзюцу — это единство трех аспектов: искусства шпионажа, диверсий, террора; особого мировоззрения; различных эзотерических практик религиозного характера.

На самом же деле нин-дзюцу может выступать в двух ипостасях: в качестве искусства тайной войны вообще, а также как специфическое порождение культуры Судзука.

Проблема пресловутых «отщепенцев», создавших нин-дзюцу для своего выживания в условиях постоянных гонений со стороны официальных властей, при ближайшем рассмотрении тоже выглядит по-другому. В частности, твердо установлено, что кланы Хаттори, Момоти и Фудзибаяси (основные кланы ниндзя провинции Ига) ведут свое происхождение от дворцовой аристократии (кугэ), в силу разных причин утративших прежнее высокое положение.

В книге XVIII века «Букэ Мёмокусё» (Обозрение самурайских родов) сказано: «В Кога и Ига было много дзи-самураев. После периода Онин (1467—1477 гг.) эти дзи-самураи объединились в многочисленные группировки, и развили могучее военное искусство, не признававшее никаких законов и правил, кроме одного — использовать все возможности, чтобы победить». Надо пояснить в этой связи, что дзи-самураи — это вовсе не крестьяне, а мелкие феодалы, имеющие земельные угодья («дзи» по-японски значит «земля»). Японские историки установили, что ниндзя, или сино-би Ига и Кога вышли из слоя госи — мелких военных феодалов, имевших свои поместья и не подчинявшихся удельным князьям (даймё). В отличие от них, обычные самураи как правило не имели земли и служили за паёк рисом.

Следовательно, «таинственные кланы» людей, стоявших вне закона и вне общества улетучиваются, а на их месте появляются мелкие феодалы, содержащие дружины и воюющие за сохранение и расширение своих владений. В своей борьбе они чаще, масштабнее и успешнее других феодалов использовали средства и методы тайной войны. Это давало им возможность подрабатывать (попутно решая свои собственные задачи) поставкой тайных агентов для крупных феодалов. Соответственно, все «гонения» на ниндзя заменяются походами крупных феодалов против объединений госи и дзи-самураев из провинций Ига и Кога. В частности, в знаменитой битве Тэнсё Ига-но-ран против войск полководца Нобунага Ода сражались не кланы ниндзя, а объединенные силы госи провинции Ига (Ига-куни сококу-икки).

Причины широкого интереса к нин-дзюцу на Западе трудно объяснить однозначно. Видимо, это результат сочетания целого ряда факторов. Так, известный американский пропагандист нин-дзюцу С. Хайес считает, что в современном западном обществе фактически царит тот же произвол власть имущих, то же беззаконие, что и в Японии XIII—XVI веков. Поэтому многие люди понимают, что заботиться о личной безопасности и безопасности членов семьи необходимо им самим. Для таких людей философия и технические приемы ниндзя создают возможность контролировать происходящие события хотя бы на уровне микросреды.

К числу других факторов можно отнести всеобщий интерес к методам выживания в условиях дикой природы и в районах военных действий, массовое увлечение восточной мистикой и эзотерическими культами, а также неизменную притягательность всего экзотического и таинственного.

В Японии известны сейчас около двух десятков человек, претендующих на то, что они якобы являются хранителями традиций тех или иных школ нин-дзюцу. Однако в остальном мире получили известность только двое из них. Это Хацуми Масааки-Ёсиаки (1931 г.р.) и Танэмура Сёто (1947 г.р.). Первый из них создал международную организацию Бусинкан-Нин-Дзюцу, второй — Гэнбукан-Нин-Дзюцу.